Virus: Quand le Big data aide à prédire l’évolution des épidémies

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De prime abord, échanger avec Marco Vignuzzi revient à se plonger dans une encyclopédie de biomédecine que seul un doctorant peut feuilleter sans traducteur. Les termes techniques fusent comme des idées dans un cerveau. Mais en passant outre les « espaces génétiques multidimensionnels », « séquences nucléotidiques », « virus progeny » ou « modélisation computationnelle », les travaux – pas encore publiés – de ce chercheur de l’Institut Pasteur deviennent beaucoup plus accessibles.

Des millions d’informations traitées

L’innovation sur laquelle son équipe se penche depuis plusieurs mois concerne une méthode de détection des mutations virales les plus virulentes pour l’homme. Sur le virus du chikungunya, de l’hépatite C ou de la grippe, il s’attelle donc à comprendre comment une cellule infectée se propage à l’intérieur d’un organisme pour « attaquer » une cellule voisine. Ou comment, en quelques jours, une épidémie se propage d’homme à homme. Dès que ce genre de virus se réplique, il introduit une mutation. En une douzaine d’heures, un virus génère donc des millions d’autres virus et chacun porte une mutation unique par rapport aux virus frères.

Pour comprendre ce mécanisme de progression infectieuse, « on applique un séquençage à haut débit » témoigne Marco Vignuzzi. Par « séquençage » il faut comprendre « analyse du génome » ou info génétique permettant au virus de produire les protéines virales dont il a besoin pour se répliquer. Cela lui permet de poursuivre son cycle infectieux dans l’organisme, et ce, malgré l’action des anticorps, trop fébriles face à un mécanisme aussi destructeur.

«Prédire l’évolution, c’est le but ultime »

« Avant, on était obligés de séquencer un seul génome de virus à la fois, poursuit le spécialiste. Maintenant, on peut couvrir la totalité d’une population virale qui existe au sein d’un même échantillon. » Et traiter des millions d’informations.

En utilisant cette approche de séquençage à haut débit sur un moustique infecté du chikungunya, il est ainsi arrivé à reproduire l’émergence des mutations qui ont donné naissance à l’épidémie de la Réunion en 2006. La prochaine étape consiste à anticiper ces mutations ou à forcer le virus à se déplacer vers les zones génétiques moins favorables à sa survie. « On peut maintenant avoir une short list des dizaines de mutations susceptibles d’émerger. Prédire l’évolution, c’est le but ultime. »

Les effets bénéfiques peuvent être multiples : améliorer la surveillance sur un territoire donné, la recherche des traitements antiviraux. Et pourquoi pas, affiner la composition des vaccins en anticipant les éventuelles mutations. L’année dernière, la grippe et ses conséquences avaient tué 18.300 personnes en France en raison de l’inefficacité relative du vaccin après la mutation d’un des virus de la grippe (A/H3N2).

R.S.
photo : Erika SANTELICES / AFP
(Un laborantin étudie des larves de moustiques portant le virus du chikungunya. Le 14 octobre 2014 à Sain-Domingue.
VIROLOGIE – Grâce au séquençage à au débit, il sera bientôt possible de contrer l’évolution des virus…)
http://m.20minutes.fr/sante/1722727-virus-quand-big-data-aide-predire-evolution-epidemies

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